山东软科学研究会设立理事会、秘书处。下设科技战略与政策专家咨询委员会和科技产业、科技人才、科技成果转化、科技文化、创业创新、科技传播、科技标准、创新评估等专业委员会以及创新创业第三方评估中心，围绕我省科技与经济、生态、社会等领域开展软科学研究，提供战略咨询服务。
